เชื้อราที่ทำให้อาหารเน่าเสีย
เชื้อรามักเป็นสาเหตุสำคัญของการเสื่อมเสียของอาหาร โดยเฉพาะอย่างยิ่งผักผลไม้ ผลิตภัณฑ์ขนมอบ และอาหารแห้ง โดยเชื้อราที่ทำให้อาหารเน่าเสียมีมากมายหลายชนิด จำเพาะเจาะจงกับชนิดของอาหาร การวิจัยเพื่อจำแนกชนิดของเชื้อราที่ปนเปื้อนในอาหาร ทำให้มีข้อมูลในการป้องกันการเสื่อมเสียของอาหาร และยืดอายุการเก็บรักษาอาหารได้
เชื้อราที่สร้างสารพิษ
เชื้อราสร้างสารพิษ เป็นปัญหาสำคัญที่ทำให้อาหารเสื่อมคุณภาพ ไม่ผ่านตามเกณฑ์มาตรฐาน เป็นอันตรายต่อผู้บริโภค เชื้อราสร้างสารพิษมีมากมาย โดยเฉพาะในจีนัส Aspergillus Pennicillium และ Fusarium
สารพิษจากเชื้อราที่เป็นที่รู้จักแพร่หลาย เช่น อะฟลาทอกซิน มักพบในถั่วลิสง โอคราทอกซิน พบในลูกเกด กาแฟ ฟูโมนิซิน พบในน้ำแอปเปิ้ล เป็นต้น
เชื้อราที่ใช้ผลิตอาหาร เอนไซม์ และสารต่าง ๆ
เชื้อราหลายชนิด สามารถนำมาใช้ในการผลิตอาหาร เอนไซม์ และสารอินทรีย์สำคัญต่าง ๆ ได้ เช่น Monascus ruber ใช้ในการผลิตข้าวแดง Aspergillus oryzae ใช้ผลิตโคจิ ซอส ซีอิ๊ว Aspergillus niger ใช้ในการผลิตเอนไซม์ชนิดต่าง ๆ เป็นต้น
